ביום 6 ביוני 2004 אישרה ממשלת ישראל בהחלטה מס' 1996 את תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה ומצפון השומרון. בהחלטה נקבעה המסגרת הארגונית שתסייע לביצוע התוכנית:
- ועדת שרים לענייני ביטחון לאומי שתלווה ותנחה את התוכנית, למעט נושא הפינוי.
- ועדת היגוי בראשות ראש המועצה לביטחון לאומי ובהשתתפות מנכ"לי משרדי ממשלה ונציגי משרד הביטחון ומשטרת ישראל.
- ועדה לענייני פינוי פיצוי והתיישבות חלופית אשר תכין את החקיקה בדבר פינוי ופיצוי, עקרונות ומדדים, מקדמות והמלצה על אזורי התיישבות מועדפים.
- הסוכנות היהודית תפעל כגורם מיישב בתאום עם שאר הוועדות.
- תוקם מנהלת ביצוע במשרד ראש הממשלה אשר תיישם את החלטת הממשלה והוועדות. המנהלת תוסמך להעניק לזכאים מקדמות על פי הכללים שתקבע הוועדה לפינוי ופיצוי.
ביום 14 בספטמבר 2004 אישרה ועדת השרים לענייני ביטחון לאומי את המלצות הוועדה לענייני פינוי, פיצוי והתיישבות חלופית והסמיכה את מנהלת סל"ע לייצג את הממשלה בכל עסקה עם המפונים. ההחלטה הגדירה במפורט את המותר ואת האסור בשטחים המפונים במועד שייקבע לפינוי. ההחלטה קבעה את עקרונות חישוב הפיצוי והגדירה את הזכאים לו במסלולים שונים, כולל מתן מקדמות:
- פיצוי בגין בית מגורים.
- פיצוי בגין קרקע, כולל קרקע חקלאית ונחלות.
- תמריץ להתיישבות באזורי עדיפות.
- מענק העברה ושכר דירה לתקופת מעבר.
- פיצוי עבור הסתגלות ואובדן פרנסה לשכירים ופיצוי פיטורין מהמעביד.
- פיצוי עבור עסקים.
- פיצוי בגין ציוד ומלאי.
ביום 18 בפברואר 2005 פורסם בספר החוקים חוק יישום תוכנית ההתנתקות התשס"ה–2005. החוק נתן תוקף להחלטת הוועדה לפינוי ופיצוי ולפעילות מנהלת תנופה (סל"ע). בחוק נקבע בפירוט רב כל ההתייחסות לכל המפונים ברמות השונות:
- אנשים פרטיים.
- רשויות מקומיות.
- מועצות אזוריות.
- אגודות שיתופיות.
- ועדים מקומיים.
ההחלטות שפורסמו עד פברואר 2005 התייחסו ליישוב מחדש של אוכלוסיית המפונים:
- בהחלטת ועדת השרים לביטחון לאומי הוזכר שיינתן תמריץ להתיישבות חלופית באזור עדיפות.
- בחוק יישום תכנית ההתנתקות תשס"ה-2005 נקבע כי מועצת ממ"י רשאית לקבוע כי התקשרויות של מינהל מקרקעי ישראל לביצוע עסקת מקרקעין שייערכו עם הזכאים לא יאוחר משלוש שנים מיום הפינוי, יהיו פטורות מחובת מכרז, לגבי אזורים ובתנאים שיקבעו בהחלטות המועצה, בשיתוף מנהלת תנופה (סל"ע) ובאישור שר האוצר.